Distância de mapa aditiva com correção de crossing-over duplo

Informe a distância do gene A ao gene B e do gene B ao gene C, ajuste o coeficiente de coincidência se necessário e obtenha o comprimento total do mapa e uma estimativa da recombinação entre os genes externos corrigida para crossing-over duplo. A ferramenta separa distância genética de recombinação observável, sendo útil em exercícios, análises de cruzamento-teste e conferências transparentes de mapeamento de três pontos.

Informe intervalos adjacentes na ordem genética conhecida

Use esta calculadora depois de estabelecer a ordem A-B-C. Informe no primeiro campo a distância entre A e B e, no segundo, a distância entre B e C. Ambos os valores são medidos em centimorgans, também chamados de unidades de mapa. A ferramenta aceita cada intervalo de 0 a 50 centimorgans. Ela não infere a ordem dos genes a partir das classes da prole, não identifica fenótipos parentais ou recombinantes e não decide qual marcador ocupa a posição central. Essas etapas devem estar concluídas. As letras A, B e C são rótulos genéricos que você pode associar a quaisquer três genes, desde que B represente o gene central. Não use a distância entre os genes externos como um dos intervalos, pois isso contaria parte do cromossomo duas vezes. A distância aditiva retornada é a soma de A-B e B-C e descreve o percurso no mapa, mesmo quando a recombinação observada entre A e C é menor por causa dos crossing-overs duplos.

Aplique corretamente a correção de crossing-over duplo

Para uma estimativa sem interferência, mantenha o coeficiente de coincidência padrão em 1. A calculadora converte as duas porcentagens adjacentes em proporções, multiplica-as para encontrar a frequência de crossing-over duplo esperada sob independência e converte o resultado novamente em porcentagem. Se o experimento fornecer um coeficiente de coincidência, informe um valor entre 0 e 1. A porcentagem esperada sob independência é multiplicada por esse coeficiente para produzir a estimativa ajustada. Um coeficiente abaixo de 1 representa interferência positiva, ou seja, menos crossing-overs duplos do que o previsto. Cada evento duplo precisa ser subtraído duas vezes ao estimar a recombinação entre marcadores externos: ele aparece em ambos os intervalos adjacentes, mas restaura a combinação parental dos genes externos. Portanto, a porcentagem corrigida corresponde à soma dos intervalos menos duas vezes a frequência dupla ajustada. A saída apresenta separadamente os valores independente e ajustado para que você possa conferir cada etapa do cálculo.

Interprete separadamente o comprimento e a recombinação externa

Leia a distância de mapa aditiva como o comprimento genético estimado que abrange os três genes. Leia a porcentagem corrigida de recombinação externa como a fração de gametas que pareceria recombinante se apenas A e C fossem observados sob as premissas informadas. Esses resultados respondem a perguntas diferentes e não devem ser usados como equivalentes. O comprimento aditivo preserva as contribuições dos crossing-overs nos dois intervalos, enquanto a observação dos marcadores externos oculta eventos duplos. A diferença se torna mais importante à medida que os intervalos aumentam. O cálculo usa a aproximação convencional de tratar o valor em centimorgans como porcentagem de recombinação para estimar crossing-overs duplos. Ela é mais adequada a exercícios clássicos e intervalos relativamente curtos. Para intervalos longos ou inferência formal, use contagens da prole e uma função de mapeamento ou modelo de verossimilhança. Registre os dois intervalos, a ordem, o coeficiente e a correção para permitir a reprodução do resultado.