Distanza di mappa additiva corretta per i doppi crossing-over

Inserisca la distanza dal gene A al gene B e dal gene B al gene C, modifichi se necessario il coefficiente di coincidenza e ottenga la lunghezza totale della mappa insieme a una stima della ricombinazione tra i geni esterni corretta per i doppi crossing-over. Lo strumento distingue la distanza genetica dalla ricombinazione osservabile ed è utile per esercizi, analisi di testcross e controlli riproducibili delle mappe a tre punti.

Inserisca gli intervalli adiacenti nell’ordine noto

Utilizzi questo calcolatore dopo aver stabilito l’ordine A-B-C. Nel primo campo inserisca la distanza tra A e B e nel secondo quella tra B e C. Entrambi i valori sono espressi in centimorgan, detti anche unità di mappa. Lo strumento accetta ciascun intervallo da 0 a 50 centimorgan. Non ricava l’ordine genico dalle classi della progenie, non identifica i fenotipi parentali o ricombinanti e non stabilisce quale marcatore sia centrale. Questi passaggi devono essere già conclusi. Le lettere A, B e C sono etichette generiche associabili a tre geni qualsiasi, purché B rappresenti il gene intermedio. Non inserisca una distanza tra i geni esterni come uno degli intervalli, altrimenti una parte del cromosoma verrebbe contata due volte. La distanza additiva restituita è la somma di A-B e B-C e descrive il percorso sulla mappa, anche quando la ricombinazione osservata tra A e C risulta inferiore a causa dei doppi crossing-over.

Applichi correttamente la correzione dei doppi crossing-over

Per una stima senza interferenza, mantenga il coefficiente di coincidenza predefinito pari a 1. Il calcolatore converte le due percentuali adiacenti in proporzioni, le moltiplica per ottenere la frequenza di doppi crossing-over attesa in condizioni di indipendenza e riconverte il risultato in percentuale. Se l’esperimento fornisce un coefficiente di coincidenza, inserisca un valore compreso tra 0 e 1. La percentuale attesa indipendente viene moltiplicata per tale coefficiente per ottenere la stima corretta. Un coefficiente inferiore a 1 indica interferenza positiva e quindi meno eventi doppi del previsto. Ogni doppio crossing-over va sottratto due volte quando si stima la ricombinazione tra i marcatori esterni: contribuisce a entrambi gli intervalli adiacenti, ma ripristina la combinazione parentale dei geni esterni. La percentuale corretta equivale pertanto alla somma degli intervalli meno due volte la frequenza doppia corretta. L’output mostra separatamente i valori indipendente e corretto, così Lei può verificare ogni fase del calcolo.

Distingua la lunghezza della mappa dalla ricombinazione esterna

Interpreti la distanza di mappa additiva come la lunghezza genetica stimata che comprende tutti e tre i geni. La percentuale corretta di ricombinazione esterna rappresenta invece la frazione di gameti che apparirebbero ricombinanti osservando soltanto A e C secondo le ipotesi indicate. I due risultati rispondono a domande diverse e non sono intercambiabili. La lunghezza additiva conserva i contributi dei crossing-over in entrambi gli intervalli, mentre l’osservazione dei marcatori esterni nasconde gli eventi doppi. La distinzione diventa più importante con intervalli maggiori. Il calcolo adotta l’approssimazione convenzionale che tratta il valore in centimorgan come percentuale di ricombinazione per stimare i doppi crossing-over. È particolarmente adatta agli esercizi classici e a intervalli relativamente brevi. Per intervalli lunghi o inferenze formali, utilizzi i conteggi della progenie con una funzione di mappatura o un modello di verosimiglianza. Riporti le due distanze, l’ordine, il coefficiente e la correzione affinché il risultato sia riproducibile.