Additive Genkartendistanz mit Doppel-Crossover-Korrektur

Geben Sie die Distanz von Gen A zu Gen B und von Gen B zu Gen C ein, passen Sie bei Bedarf den Koinzidenzkoeffizienten an und erhalten Sie sowohl die gesamte Kartenlänge als auch eine für Doppel-Crossovers korrigierte Schätzung der Rekombination zwischen den äußeren Genen. Das Werkzeug trennt Kartendistanz und beobachtbare Rekombination und eignet sich für Genetikaufgaben, Testkreuzungsanalysen und nachvollziehbare Prüfungen von Dreipunktkartierungen.

Geben Sie benachbarte Intervalle in bekannter Genreihenfolge ein

Verwenden Sie diesen Rechner, nachdem die Reihenfolge A-B-C bestimmt wurde. Tragen Sie im ersten Feld die Kartendistanz zwischen A und B und im zweiten Feld die Distanz zwischen B und C ein. Beide Werte werden in Centimorgan angegeben, die häufig auch als Karteneinheiten bezeichnet werden. Für jedes Intervall sind Werte von 0 bis 50 Centimorgan zulässig. Das Werkzeug leitet weder die Genreihenfolge aus Nachkommenklassen ab noch erkennt es elterliche oder rekombinante Phänotypen oder bestimmt den mittleren Marker. Diese Schritte müssen bereits abgeschlossen sein. A, B und C sind Platzhalter für beliebige drei Gene, wobei B stets das mittlere Gen darstellen muss. Verwenden Sie keine Distanz zwischen den äußeren Genen als eines der Intervalle, da sonst ein Chromosomenabschnitt doppelt gezählt würde. Die ausgegebene additive Distanz ist die Summe aus A-B und B-C. Sie beschreibt den Weg auf der Genkarte, auch wenn Doppel-Crossovers die beobachtbare Rekombination zwischen A und C verringern.

Wenden Sie die Doppel-Crossover-Korrektur richtig an

Für eine Schätzung ohne Interferenz behalten Sie den voreingestellten Koinzidenzkoeffizienten 1 bei. Der Rechner wandelt beide benachbarten Prozentwerte in Anteile um, multipliziert sie zur Bestimmung der bei Unabhängigkeit erwarteten Doppel-Crossover-Häufigkeit und gibt das Ergebnis wieder als Prozentwert aus. Liegt für Ihr Experiment ein Koinzidenzkoeffizient vor, geben Sie einen Wert zwischen 0 und 1 ein. Die unabhängig erwartete Häufigkeit wird mit diesem Koeffizienten multipliziert und ergibt die angepasste Schätzung. Ein Wert unter 1 steht für positive Interferenz, also weniger Doppel-Crossovers als bei Unabhängigkeit erwartet. Bei der Schätzung der Rekombination äußerer Marker muss jedes Doppel-Crossover zweimal abgezogen werden: Es trägt zu beiden benachbarten Intervallen bei, stellt jedoch die elterliche Anordnung der äußeren Gene wieder her. Der korrigierte Prozentwert ist deshalb die Intervallsumme abzüglich der doppelten angepassten Doppel-Crossover-Häufigkeit. Die Ausgabe weist unabhängige und angepasste Werte getrennt aus, damit Sie jeden Rechenschritt prüfen können.

Unterscheiden Sie Kartenlänge und äußere Rekombination

Deuten Sie die additive Kartendistanz als geschätzte genetische Länge über alle drei Gene. Der korrigierte äußere Rekombinationsanteil bezeichnet dagegen den Anteil der Gameten, die unter den angegebenen Annahmen bei alleiniger Beobachtung von A und C rekombinant erscheinen würden. Beide Ergebnisse beantworten verschiedene Fragen und sind nicht austauschbar. Die additive Länge berücksichtigt Crossover-Beiträge in beiden Intervallen, während die Betrachtung der äußeren Marker Doppel-Crossovers verbirgt. Mit zunehmender Intervalllänge gewinnt dieser Unterschied an Bedeutung. Die Berechnung nutzt die übliche Näherung, den Centimorgan-Wert eines Intervalls bei der Schätzung von Doppel-Crossovers als Rekombinationsprozentsatz zu behandeln. Sie eignet sich besonders für klassische Lehrbuchaufgaben und relativ kurze Intervalle. Verwenden Sie für lange Intervalle oder formale Auswertungen Nachkommenzahlen mit einer geeigneten Kartierungsfunktion oder einem Likelihood-Modell. Dokumentieren Sie beide Distanzen, die Genreihenfolge, den Koeffizienten und die Korrektur, damit andere Personen das Ergebnis reproduzieren können.