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二重交差補正付き加算遺伝子地図距離計算機

加算遺伝子地図距離計算機は、順序が判明している3遺伝子について、隣接する2区間を統合します。遺伝子AからBまでとBからCまでの距離を入力し、必要に応じて一致係数を設定すると、地図上の合計距離と、二重交差を補正した外側遺伝子間の組換え率が得られます。地図距離と観察可能な組換え率を明確に区別できるため、遺伝学の演習、検定交雑の解析、三点交雑による連鎖地図計算の確認に役立ちます。

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既知の遺伝子順序に従って隣接区間を入力します

この計算機は、遺伝子順序がA-B-Cと確定した後にお使いください。最初の欄にAとBの地図距離、次の欄にBとCの地図距離を入力します。どちらもセンチモルガンで表し、地図単位とも呼ばれます。各区間には0から50センチモルガンまで指定できます。本ツールは子孫の表現型分類から遺伝子順序を推定したり、親型と組換え型を判別したり、中央のマーカーを決定したりしません。これらの解析は事前に完了している必要があります。A、B、Cは任意の3遺伝子を表す記号ですが、必ずBを中央の遺伝子に対応させてください。外側遺伝子間の距離を隣接区間として入力すると、染色体の一部を二重に数えることになります。出力される加算地図距離はA-BとB-Cの単純な合計であり、二重交差によってAとCの観察組換え率が低くなる場合でも、連鎖地図上の全区間を表します。

二重交差補正を正しく適用します

干渉がないと仮定する場合は、一致係数を既定値の1のままにしてください。計算機は隣接する2区間の百分率を比率に変換して掛け合わせ、独立に起こると仮定した二重交差の期待頻度を求め、再び百分率で表示します。実験から一致係数が得られている場合は、0から1までの値を入力してください。独立性に基づく二重交差率にこの係数を掛けることで、調整後の推定値を算出します。1未満の係数は正の干渉、すなわち独立の場合より二重交差が少ないことを示します。外側マーカー間の組換え率を求める際は、二重交差を2回分差し引く必要があります。二重交差は両方の隣接区間に1回ずつ含まれる一方、外側遺伝子の組合せを親型に戻すためです。したがって補正値は、区間の合計から調整後の二重交差率の2倍を引いた値です。出力では独立期待値と調整値を分けて示すため、計算過程をご確認いただけます。

地図の長さと外側遺伝子の組換え率を区別します

加算地図距離は、3遺伝子すべてにまたがる推定遺伝距離として解釈してください。一方、補正済み外側組換え率は、指定した仮定の下でAとCだけを観察したときに組換え型に見える配偶子の割合です。両者は異なる問いに答える値であり、相互に置き換えることはできません。加算距離は両区間の交差を反映しますが、外側マーカーだけの観察では二重交差が見えなくなります。区間が長くなるほど、この違いは重要になります。本計算は、二重交差を推定する際に各区間のセンチモルガン値を組換え百分率として扱う一般的な近似を使用します。古典的な三点交雑の演習や比較的短い区間に適しています。長い区間や厳密な推定では、子孫数と適切な地図関数または尤度モデルをご利用ください。結果を再現できるよう、2区間の距離、遺伝子順序、一致係数、補正値を併記することをお勧めします。

活用例

三点交雑の地図作成問題を確認する

中央遺伝子を決定した後、加算距離と二重交差補正が正しいか確認できます。

地図距離と観察組換え率を比較する

外側遺伝子の組換え率が地図距離の合計より小さくなり得る理由を示せます。

交差干渉をモデル化する

既知の一致係数を使い、期待される二重交差頻度を調整できます。

よくある質問

加算地図距離とは何ですか？

A-BとB-Cの距離をセンチモルガン単位で合計した値で、Bを経由するAからCまでの地図上の範囲を表します。

二重交差を2回差し引くのはなぜですか？

二重交差は両区間に1回ずつ含まれますが、外側遺伝子の関係を親型に戻すため、2つの寄与を除く必要があります。

どの一致係数を使えばよいですか？

交差が独立と仮定する場合は1をお使いください。正の干渉を考慮する場合は、実験で得た1未満の値を指定します。

この計算機は遺伝子順序を決定しますか？

いいえ。A-B-Cという順序が既知であることを前提とし、隣接する2区間の距離を必要とします。

APIでの計算料金はいくらですか？

APIリクエスト1回につき$0.002です。同じ決定論的な計算をブラウザーでも実行できます。

開発者向け — APIアクセス

このページの機能はすべてAPIからも利用できます。自社システムに組み込みたいチーム向けのセクションです。それ以外の方は上のツールをそのままお使いください。

エンドポイント

POSThttps://api.kit.forhosting.com/bio/map-units-additive

Bearerトークンで認証し、POST1回でタスクをキューに登録します。結果はWebhookまたは署名付きリンクで受け取れます。

お使いのスタックから呼び出す

curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/map-units-additive \
  -H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"distance_ab_cm":12,"distance_bc_cm":8}'

const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/map-units-additive", {
  method: "POST",
  headers: {
    "Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
    "Content-Type": "application/json"
  },
  body: JSON.stringify({
    "distance_ab_cm": 12,
    "distance_bc_cm": 8
  })
});
const { task_id } = await res.json();

import os, requests

res = requests.post(
    "https://api.kit.forhosting.com/bio/map-units-additive",
    headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
    json={
    "distance_ab_cm": 12,
    "distance_bc_cm": 8
},
)
task_id = res.json()["task_id"]

<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/map-units-additive", false, stream_context_create([
  "http" => [
    "method"  => "POST",
    "header"  => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
    "content" => '{"distance_ab_cm":12,"distance_bc_cm":8}',
  ],
]));
$task = json_decode($res, true);

body := bytes.NewBufferString(`{"distance_ab_cm":12,"distance_bc_cm":8}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/map-units-additive", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)

リクエスト例

{
  "distance_ab_cm": 12,
  "distance_bc_cm": 8
}

レスポンス例

{
  "task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
  "type": "bio.map_units_additive",
  "status": "queued",
  "_links": {
    "result": "/tasks/tsk_…/result"
  }
}

非同期APIです。task_idは即時に返ります。ポーリングは1秒あたり1リクエストまでです。

料金

1リクエストあたり$0.002

単価はすべて公開しています。トークン換算や独自クレジットはありません。失敗したタスクは課金されません。

エラー

HTTP	コード	意味
`401`	`unauthorized`	APIキーが無効か、指定されていません。Authorizationヘッダーを確認してください。
`402`	`insufficient_balance`	残高が不足しています。チャージ後に再度お試しください。
`404`	`unknown_type`	指定されたタスクタイプは存在しません。タイプ名を確認してください。
`429`	`rate_limited`	リクエストが多すぎます。しばらく待ってから再度お試しください。

KITの完全なドキュメントを見る →