Distance génétique additive corrigée des doubles crossing-over

Saisissez la distance de A à B puis celle de B à C, ajustez si nécessaire le coefficient de coïncidence, et obtenez la longueur totale de la carte ainsi qu’une estimation de la recombinaison entre les gènes externes corrigée des doubles crossing-over. L’outil distingue clairement distance cartographique et recombinaison observable, ce qui facilite les exercices, l’analyse de croisements-tests et la vérification reproductible des cartes à trois points.

Saisissez les intervalles adjacents dans l’ordre établi

Utilisez ce calculateur une fois l’ordre A-B-C établi. Indiquez dans le premier champ la distance entre A et B, puis dans le second celle entre B et C. Ces deux valeurs sont exprimées en centimorgans, également appelés unités de carte. Chaque intervalle peut aller de 0 à 50 centimorgans. L’outil ne déduit pas l’ordre des gènes à partir des classes de descendants, n’identifie pas les phénotypes parentaux ou recombinants et ne choisit pas le marqueur central. Ces étapes doivent être terminées auparavant. Les lettres A, B et C sont des repères génériques que vous pouvez associer à trois gènes quelconques, à condition que B corresponde au gène central. Ne saisissez pas une distance entre les deux gènes externes comme intervalle, car une partie du chromosome serait comptée deux fois. La distance additive renvoyée est la somme de A-B et B-C. Elle décrit le trajet sur la carte, même si la recombinaison observable entre A et C est réduite par les doubles crossing-over.

Appliquez correctement la correction des doubles crossing-over

Pour une estimation sans interférence, conservez la valeur par défaut 1 du coefficient de coïncidence. Le calculateur transforme les deux pourcentages adjacents en proportions, les multiplie afin d’obtenir la fréquence de doubles crossing-over attendue sous indépendance, puis reconvertit le résultat en pourcentage. Si votre expérience fournit un coefficient de coïncidence, saisissez une valeur comprise entre 0 et 1. La fréquence indépendante est multipliée par ce coefficient pour donner l’estimation ajustée. Une valeur inférieure à 1 représente une interférence positive et donc moins de doubles crossing-over que prévu. Chaque événement double doit être soustrait deux fois pour estimer la recombinaison des marqueurs externes : il contribue aux deux intervalles adjacents, mais rétablit l’association parentale des gènes externes. Le pourcentage corrigé correspond ainsi à la somme des intervalles diminuée de deux fois la fréquence double ajustée. La sortie présente séparément les valeurs indépendante et ajustée afin que vous puissiez contrôler toutes les étapes.

Distinguez longueur de carte et recombinaison externe

Interprétez la distance additive comme la longueur génétique estimée couvrant les trois gènes. Le pourcentage corrigé de recombinaison externe représente plutôt la fraction de gamètes qui paraîtraient recombinants si seuls A et C étaient observés selon les hypothèses indiquées. Ces deux résultats répondent à des questions différentes et ne sont pas interchangeables. La longueur additive conserve la contribution des crossing-over dans les deux intervalles, tandis que l’observation des marqueurs externes masque les événements doubles. Cette distinction devient plus importante lorsque les intervalles s’allongent. Le calcul repose sur l’approximation classique selon laquelle la valeur en centimorgans d’un intervalle peut servir de pourcentage de recombinaison pour estimer les doubles crossing-over. Elle convient surtout aux exercices usuels et aux intervalles relativement courts. Pour de longues distances ou une inférence formelle, utilisez les effectifs de descendants avec une fonction de cartographie ou un modèle de vraisemblance. Consignez les deux distances, l’ordre, le coefficient et la correction pour rendre le résultat reproductible.